Als een kwaadaardig duister het land Hyrule bedekt, moet een boerenjongen met de naam Link, de held - en het beest - in zichzelf doen ontwaken.
Link is opgegroeid als cowboy in een klein plattelandsdorp, en de burgemeester draagt hem op de Hyrule Summit bij te wonen. Nietsvermoedend van het duistere kwaad dat over het koninkrijk is neergedaald gaat Link op weg naar deze belangrijke bijeenkomst. Als hij de Twilight Realm betreedt die Hyrule bedekt, verandert hij in een wolf en wordt gevangen genomen. Een mysterieuze figuur, Midna, helpt hem te ontsnappen. Met behulp van haar magie gaan zij op weg om het land te bevrijden van de schaduwen.
- Wanneer hij de Twilight Realm betreedt, verandert Link in een wolf en moet hij door het land trekken met de hulp van een mysterieus meisje dat Midna heet. Dankzij de kracht en de unieke spelbesturing van het Wii-systeem biedt The Legend of Zelda: Twilight Princess een 16:9 breedbeeldpresentatie en ongelooflijk nauwkeurig besturing door te richten met de Wii-afstandsbediening.
- De Wii-afstandsbediening en de Nunchuk worden gebruikt voor verschillende spelactiviteiten, waaronder vissen en speciale zwaardaanvallen.
- Spelers gaan het slagveld op tegen massa's weerzinwekkende wezens met gebruik van een verbazend vechtsysteem te paard, en gaan de strijd aan met enorme eindbazen die je moet zien om het te geloven.
- Vele puzzels staan het volbrengen van Links zoektocht in de weg, dus spelers moeten heel alert zijn bij het zoeken naar wapens en voorwerpen.